本文是对抗体/蛋白设计算法的汇总。根据算法的特点共性，设置以下字段：

• 名称
• 序列类型
  • 普通蛋白
    • peptide
    • mini protein
    • antigen
  • 抗体
    • nanobody
    • mAb
    • scFv
    • CDR
    • other antibody
• 方法类型
  • Diffusion
  • EGNN
  • SE(3)-Transformer
  • MPNN
  • VAE
  • CNN
  • ODE/PDE
  • Iteration Refinement
  • Hallucination
  • LLM Transformer
  • Structure Modelling
  • GVP
  • CLIP
  • Contrastive Learning
  • Method Combination
  • Backward Propagation
  • Retrieval Augmented
• 设计类型
  • Fix-bb Sequence Design
  • LLM Sequence Design
  • Backbone Structure Design
  • Codesign
• 数据源
• 作者与单位
• 发表平台与发表时间
• 性能指标
  • AAR （Seq recovery）
  • Perplexity
  • RMSD or scRMSD
  • Naturalness
  • 湿实验结果
• 开源状态
  • 源码及其license
  • 权重及其license

BindCraft

• 本站链接：BindCraft算法解析和测试
• 序列类型：peptide，mini protein
• 设计类型：codesign
• 方法类型：Hallucination，Backward Propagation
• 数据源：无，但所依赖的alphafold模型需要PDB数据库。
• 作者与单位：
  • 第一作者：Martin Pacesa
  • 通讯作者：Bruno E. Correia，Sergey Ovchinnikov
  • 单位：Laboratory of Protein Design and Immunoengineering, École Polytechnique Fédérale de Lausanne and Swiss Institute of Bioinformatics; Lausanne, Switzerland
• 发表平台与发表时间：bioRxiv，2024/10/1
• 性能指标：
  • 湿实验结果：10～100%的结合成功率
• 开源状态：
  • 源码：https://github.com/martinpacesa/BindCraft.git
  • 源码license：MIT license
  • 权重：alphafold2的权重
  • 权重license：Apache 2.0 license

RADAb

• 本站链接：RADAb抗体序列设计算法-上交大
• 序列类型：CDR
• 设计类型：fix-bb sequence design
• 方法类型：Diffusion, Retrieval Augmented
• 数据源：SAbDab
• 作者与单位：
  • 第一作者：Zichen Wang
  • 通讯作者：Shuangjia Zheng
  • 单位：Shanghai Jiao Tong University
• 发表平台与发表时间：arXiv，2024/10/10
• 性能指标：
  • AAR:
    • HCDR3: 57.02%
  • scRMSD:
    • HCDR3: 2.23
• 开源状态：未开源

Chroma

• 本站链接：Chroma测试与binder设计探索
• 序列类型：peptide，mini protein，antigen
• 设计类型：codesign
• 方法类型：Diffusion，SE(3)-Transformer
• 数据源：PDB
• 作者与单位：
  • 第一作者：John B. Ingraham
  • 通讯作者：Gevorg Grigoryan
  • 单位：Generate Biomedicines
• 发表平台与发表时间：Nature，2023/11/15
• 性能指标：
  • RMSD: 与电镜结构差距1.0Å
• 开源状态：
  • 源码：https://github.com/generatebio/chroma
  • 源码license：Apache-2.0 License
  • 权重：https://chroma-weights.generatebiomedicines.com
  • 权重license：chroma weight no commercial license

FoldFlow

• 本站链接：FoldFlow骨架生成算法-ICLR2024
• 设计类型：Backbone Structure Design
• 方法类型：ODE/SDE，Manifold Learning
• 数据源：PDB
• 作者与单位：
  • 第一作者：Avishek (Joey) Bose
  • 通讯作者：Alexander Tong
  • 单位：McGill University
• 发表平台与发表时间：ICLR 2024，2024/4/11
• 性能指标：
  • Designability：0.716 ± 0.040
  • Novelty：0.544 ± 0.061
• 开源状态：
  • code and weight：https://github.com/dreamfold/foldflow
  • license：CC BY-NC-SA 4.0

BetterBodies

• 本站链接：BetterBodies：VAE+Diffusion+RL的抗体CDRH3设计
• 设计类型：Sequence Design
• 方法类型：VAE, Diffusion, Q-Learning
• 数据源：CDR sequence
• 作者与单位：
  • 第一作者：Yannick Vogt
  • 通讯作者： Yannick Vogt
  • 单位：University of Freiburg
• 发表平台与发表时间：arxiv，2024/9/9
• 开源状态：未开源
• 个人评价：不咋地