抗体/蛋白设计算法合集

本文是对抗体/蛋白设计算法的汇总。根据算法的特点共性,设置以下字段:

  • 名称
  • 序列类型
    • 普通蛋白
      • peptide
      • mini protein
      • antigen
    • 抗体
      • nanobody
      • mAb
      • scFv
      • CDR
      • other antibody
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RADAb抗体序列设计算法-上交大

论文名称:《Retrieval Augmented Diffusion Model for Structure-informed Antibody Design and Optimization》

论文亮点:利用MASTER算法,通过输入给定CDR骨架结构,检索PDB得到相似的CDR fragment数据,从而增强序列设计的能力。

论文缺点:检索增强的PDB可能搜到原始数据,因此存在数据泄露风险。对未能检索groud truth的数据性能较差。

论文代码:暂无开源信息。

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Chroma测试与binder设计探索

Chroma是Generate Bio开发一款蛋白设计算法,可以支持做骨架设计和序列设计。与Baker团队开发的RFdiffusion有一定相似之处。

开源代码: https://github.com/generatebio/chroma

论文地址:Illuminating protein space with a programmable generative model

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BindCraft算法解析和测试

这篇文章pipeline的核心工具是colabdesign(Sergey Ovchinnikov团队研发,故而Sergey作为BindCraft的共同通讯),利用colabdesign提供的afdesign模块和proteinMPNN模块,进行binder design。

原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615802

代码链接:https://github.com/martinpacesa/BindCraft

算法部署

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高斯混合模型

一、高斯混合模型

对一一组没有任何干扰差异的样本,其特征分布从统计学来说只受随机因素影响,服从单一分布。经典的单一分布就是高斯分布:

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Windows远程桌面

一、概述

微软的windows系统内置了远程桌面功能,可以让用户像访问本地电脑一样访问局域网内的远程电脑。相比于teamview等第三方远程桌面服务,具有以下独特优势:

  • windows内置系统服务,开机自动运行,无需解锁登录。
  • windows原生产品,无需额外安装。
  • 与系统深度融合,远程与本地的资源共享便利。
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内网穿透+RDP实现非局域网远程桌面

一、远程桌面概述

windows自带的远程桌面(remote destop)服务能够让用户便利的远程控制电脑。因为是微软的系统服务,与市面上的一些第三方远程桌面工具如teamviewer、向日葵和rustdesk等相比,具有独特的使用优势。其基本要求如下:

  • 远程电脑Windows 10/11专业版及以上
  • 远程电脑防火墙开放远程控制端口3389
  • 本地电脑可以连同远程电脑,即在相同局域网内,且知道远程电脑IP
    用户可以在系统设置中开启远程桌面功能。同时用户可以通过下列命令修改远程桌面默认端口,例如使用3390。
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    # 修改远程桌面端口
    Set-ItemProperty -Path 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\WinStations\RDP-Tcp' -name "PortNumber" -Value 3390;
    # 删除旧的进站规则
    Remove-NetFirewallRule -DisplayName 'RDPPORT';
    # 修改防火墙进站规则给新端口放行
    New-NetFirewallRule -DisplayName 'RDPPORT' -Profile 'Any' -Direction Inbound -Action Allow -Protocol TCP -LocalPort 3390 -RemotePort Any -Enabled True;
    然后就可以通过内置应用“远程桌面连接”来连接目标电脑。其他RDP细节问题本文不做介绍,本文目的在于介绍内网穿透配合RDP实现跨局域网访问。
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gitbook学习笔记

gitbook基础

gitbook是一个电子书构建工具,这是它的help文档。可以在gitbook在线编写,也可以按照规范使用gitbook-cli。注意它和git没什么关系。就像java和Javascript一样。可以参考git电子书的样式。

安装gitbook

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npm install gitbook-cli -g

创建gitbook

和vue-cli等脚手架类似,可以创建一个基础项目。

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gitbook init project-name

构建gitbook

和hexo很像。

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gitbook build
gitbook serve

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maven学习笔记
java | maven | mvn

一、Maven概述

Maven是Apache开源基金会旗下孵化的一个包管理器,在java开发中有着广泛的应用。java开发者开发了大量的jar包形成了java开发的生态。和Python的pip和conda一样,maven负责安装与管理这些第三方库。

maven安装

比较容易,主要是以下几步

  • 官网下载
  • 解压到你的安装目录(即为免安装版本)
  • 配置该安装目录为MAVEN_HOME环境变量
  • 同时将%MAVEN_HOME%\bin追加到PATH环境变量,如果是Linux,则为$MAVEN_HOME/bin
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基于tkinter的GUI编程

一、概述

tkinter是python内置的GUI编程库,可以实现许多基础的GUI编程。python -m tkinter能够查看tkinter的版本信息的GUI页面。下例是tkinter实现的一个hello world。

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import tkinter as tk
class MainWindow(tk.Tk):
def __init__(self, title: str, width:int, height:int) -> None:
super().__init__()
self.title(title)
self.geometry(f"{width}x{height}")
self.label = tk.Label(self, text="Hello world")
self.label.pack()

MainWindow("Tk GUI", 800, 600).mainloop()

tkinter中涉及窗体(Frame),控件、容器、事件和布局等概念。接下来会在下面具体介绍。

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