本文是对抗体/蛋白设计算法的汇总。根据算法的特点共性,设置以下字段:
- 名称
- 序列类型
- 普通蛋白
- peptide
- mini protein
- antigen
- 抗体
- nanobody
- mAb
- scFv
- CDR
- other antibody
- 普通蛋白
本文是对抗体/蛋白设计算法的汇总。根据算法的特点共性,设置以下字段:
论文名称:《Retrieval Augmented Diffusion Model for Structure-informed Antibody Design and Optimization》
论文亮点:利用MASTER算法,通过输入给定CDR骨架结构,检索PDB得到相似的CDR fragment数据,从而增强序列设计的能力。
论文缺点:检索增强的PDB可能搜到原始数据,因此存在数据泄露风险。对未能检索groud truth的数据性能较差。
论文代码:暂无开源信息。
Chroma是Generate Bio开发一款蛋白设计算法,可以支持做骨架设计和序列设计。与Baker团队开发的RFdiffusion有一定相似之处。
开源代码: https://github.com/generatebio/chroma
论文地址:Illuminating protein space with a programmable generative model
这篇文章pipeline的核心工具是colabdesign(Sergey Ovchinnikov团队研发,故而Sergey作为BindCraft的共同通讯),利用colabdesign提供的afdesign模块和proteinMPNN模块,进行binder design。
原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615802
代码链接:https://github.com/martinpacesa/BindCraft
windows自带的远程桌面(remote destop)服务能够让用户便利的远程控制电脑。因为是微软的系统服务,与市面上的一些第三方远程桌面工具如teamviewer、向日葵和rustdesk等相比,具有独特的使用优势。其基本要求如下:
1 | # 修改远程桌面端口 |
Maven是Apache开源基金会旗下孵化的一个包管理器,在java开发中有着广泛的应用。java开发者开发了大量的jar包形成了java开发的生态。和Python的pip和conda一样,maven负责安装与管理这些第三方库。
比较容易,主要是以下几步
MAVEN_HOME
环境变量%MAVEN_HOME%\bin
追加到PATH
环境变量,如果是Linux,则为$MAVEN_HOME/bin
。tkinter是python内置的GUI编程库,可以实现许多基础的GUI编程。python -m tkinter
能够查看tkinter的版本信息的GUI页面。下例是tkinter实现的一个hello world。1
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10import tkinter as tk
class MainWindow(tk.Tk):
def __init__(self, title: str, width:int, height:int) -> None:
super().__init__()
self.title(title)
self.geometry(f"{width}x{height}")
self.label = tk.Label(self, text="Hello world")
self.label.pack()
MainWindow("Tk GUI", 800, 600).mainloop()
tkinter中涉及窗体(Frame),控件、容器、事件和布局等概念。接下来会在下面具体介绍。